Memajukan pembangunan ekonomi dapat dilihat dari pertumbuhan ekonomi pada daerah tersebut. Pertumbuhan ekonomi daerah dapat mengalami peningkatan apabila mengetahui apa yang menjadi sektor unggulan pada daerah tersebut. Sektor unggulan ialah sektor yang paling kuat karena mampu bersaing dan menjadi lebih unggul dibandingkan dengan sektor yang sama di daerah lainnya. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sektor yang memiliki potensi sebagai sektor unggulan yang memiliki daya saing serta berperan untuk menunjang pertumbuhan ekonomi di Kota Balikpapan dan Kota Samarinda. Dalam penelitian menggunakan jenis penelitian kualitatif dengan sifat penelitian deskriptif dan teknik analisis data yang digunakan adalah analisis Location Quention dan analisis Shift Share. Menggunakan data sekunder yang diterbitkan oleh Badan Pusat Statistik Provinsi Kaltim, Kota Balikpapan dan Kota Samarinda tahun 2015-2019. Berdasarkan hasil perhitungan dapat disimpulkan bahwa dalam kurun waktu 2015-2019 terdapat sektor basis yang menjadi sumber pendapatan di masing-masing daerah Kota Balikpapan antara lain: industri pengolahan, transportasi dan pergudangan, informasi dan komunikasi, sedangkan di kota samarinda meliputi: jasa keuangan dan asuransi, jasa lainnya, dan penyediaan akomodasi dan makanan. Sektor-sektor yang mendorong pertumbuhan yang sama pada tingkat Provinsi Kalimantan Timur pada Kota Balikpapan kurun waktu 2015-2019 tiga terbesar yaitu: perdagangan besar dan eceran, reparasi mobil dan sepeda motor, industri pengolahan, informasi dan komunikasi sedangkan, kota samarinda perdagangan besar dan eceran, reparasi mobil dan sepeda motor, konstruksi dan akomodasi dan makan minum.