Optimalisasi dengan refactoring merupakan aktivitas penting dalam meningkatkan struktur internal kode dan bertujuan untuk meningkatkan kualitas perangkat lunak. Dalam program modul pendaftaran sistem informasi klinik utama nur khadijah, terdapat smell code yang menjadi indikasi adanya permasalahan dari struktur kode program. Permasalahan yang terdapat pada program tersebut yaitu adanya duplicate code yang membuat pemeliharaan perangkat lunak menjadi lebih sulit. Ketika terjadi kesalahan akan sulit menemukan dan memperbaikinya, efek jangka panjang yang terjadi yaitu akan menimbulkan bug. Pada tugas akhir ini melakukan optimalisasi terhadap aplikasi klinik utama nur khadijah menggunakan metode refactoring dengan mengoptimalkan kode program yang terindikasi smell code yaitu duplicated code dan query. Dalam penyelesaian permasalahan duplicate code maka akan dilakukan dengan menggunakan Teknik Extract Method. Setelah itu pengujian Benchmarking untuk menguji performance response time query dengan memanfaatkan tools Mysqlslap. Penelitian ini akan menghasilkan sistem yang lebih optimal dibandingkan dengan system sebelumnya dengan menerapkan optimalisasi dengan metode refactoring